แม้ว่ายาสำหรับโรคเอดส์ จะสามารถควบคุมไวรัสในร่างกาย  แต่ก็อาจทำให้เกิดอาการเหล่านี้ได้

• ภาวะโลหิตจางและความผิดปกติของเม็ดเลือดแดง
• โรคอุจจาระร่วง
• ปวดหัวและเวียนศีรษะ
• ความเมื่อยล้า
• คลื่นไส้อาเจียน
• ผื่นแพ้
• ความต้านทานต่ออินซูลินและระดับน้ำตาลในเลือดสูงขึ้น (hyperglycemia)
• การสะสมของกรดแลคติคในกระแสเลือด
• การสูญเสียไขมันในใบหน้าและแขนขา
• อาการปากหรือลิ้นบวม
• ตับได้รับความเสียหาย

ยารักษาโรคเอดส์ อาจมีผลข้างเคียงที่สำคัญและยาวนาน แม้ว่าผลข้างเคียงเหล่านี้จะสามารถรักษาได้บ้าง แต่บางรายก็เป็นเรื้อรัง ต้องแจ้งแพทย์เกี่ยวกับผลข้างเคียงทุกอย่าง โดยละเอียด สามารถเลือกวิธีการรักษาที่ดีที่สุด